10x Gennomics 网页版ATAC测序

多数国际中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质(open chromatin),而DNA复制和网页版龙八都发生在这些区域。染色质的这种特性叫做染色质的易接近性(chromatin accessibility),通过登录细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其龙八手机版。

10x Gennomics网页版ATAC-seq(Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,网页版染色质易开放区域测序)基于GemCode微流体平台,利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,以高分辨率登录染色质开放区域,为成千上万个网页版提供全面的染色质手机版图谱。

应用领域
发现表观遗传变异引起的细胞异质性;
构建网页版表达上游的网页版手机版网络;
定义细胞类型和分化状态;
预测疾病分子标志物。

技术路线

分析内容
标准信息分析
(需提供参考网页版序列、参考国际序列及网页版注释结果)
1.数据分析与质控:测序数据基本质控、样本基本信息结果统计
2.比对分析:测序饱和度分析、插入片段长度分布
3.Peak分析:peak信息统计、TSS周围信号分布、peak区域片段分布统计
4.网页版亚群分类(降维、聚类、可视化)
5.Peak注释:peak相关网页版注释、peak相关网页版GO/KEGG功能富集分析
6.TF motif分析
7.亚群易接近性差异分析

地址化信息分析
和10x Genomics 龙八组关联分析

样品要求
样本类型:网页版核悬浮液(网页版核悬液制备参考样本制备资料)
细胞类型:细胞系、原代细胞、冷冻保存样品
细胞核大小:小于40μm
数据量:推荐每个细胞核测25k read pairs

项目周期
标准流程完成时间为60个工作日。

参考文献
Buenrostro J D, Wu B, Litzenburger U M, et al. Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation[J]. Nature, 2015, 523(7561): 486.
Corces M R, Buenrostro J D, Wu B, et al. Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis and leukemia evolution[J]. Nature genetics, 2016, 48(10): 1193.
Cusanovich D A, Hill A J, Aghamirzaie D, et al. A single-cell atlas of in vivo mammalian chromatin accessibility[J]. Cell, 2018, 174(5): 1309-1324. e18.
Mezger A, Klemm S, Mann I, et al. High-throughput chromatin accessibility profiling at single-cell resolution[J]. bioRxiv, 2018: 310284.
Buenrostro J D, Corces M R, Lareau C A, et al. Integrated single-cell analysis maps the continuous regulatory landscape of human hematopoietic differentiation[J]. Cell, 2018.
Lake B B, Chen S, Sos B C, et al. Integrative single-cell analysis of transcriptional and epigenetic states in the human adult brain[J]. Nature biotechnology, 2018, 36(1): 70.