蛋白非标记定量分析

蛋白非标记定量分析是指不需要稳定同位素标记样本,每个样本分别上机检测。由于不需要对样本进行标记,蛋白非标记定量分析技术成本较低,并且对一次检测的样本量无限制,可同时比较多个样本的蛋白质表达差异。

根据质谱数据采集模式的不同,蛋白非标记定量又分为利用数据依赖采集模式(DDA)的label free方法(LFQ),和利用数据非依赖采集模式(DIA)的DIA方法。蛋白定量DIA技术将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,因此可以无遗漏地获得样本中所有离子的全部碎片信息,数据利用度大大提高,缺失值更少。因此重复性大幅提升,定量准确性更高。蛋白定量DIA技术被Nature Methods杂志评为2015年最值得关注的技术,近年来受到了越来越多的关注。

应用领域
不同处理、不同生理/病理状态下样本中的蛋白质表达变化
蛋白DIA定量技术特别适合大样本量的蛋白质登录

技术路线

                          

分析内容
1. 标准信息分析
1.1 质谱准确度评估
1.2 参考蛋白数据库建立(DIA)
1.3 蛋白数据库建立与Mascot软件搜索(LFQ)
1.4 蛋白质鉴定
1.5 蛋白质功能注释(GO功能、KEGG地址通路、COG/KOG)
1.6 蛋白质定量
1.7 差异蛋白分析
1.8 差异蛋白GO/KEGG功能富集分析
1.9 多样品间表达模式聚类分析(三个或三个以上样品可提供)

2. 地址化信息分析
2.1 蛋白质组与龙八组关联分析
2.2 蛋白互作网络分析

样本要求
1. 新鲜动物下载:≥200mg
2. 新鲜植物下载:≥2g
3. 新鲜培养细胞:≥5*106个细胞每管,3管
4. 真菌、细菌:≥200mg
5. 血清、血浆:150μl * 4管
6. 体液样本:尿液:5ml *4管(送样前需1000g离心5min,弃去沉淀),其他体液(唾液、羊水、细胞培养上清液等)要求5ml以上。
7. 蛋白溶液:蛋白总量500μg以上

项目周期
标准流程的运转周期约为55个工作日。

参考文献
Hu A, Noble W S, Wolfyadlin A, et al. Technical advances in proteomics: new developments in data-independent acquisition.[J]. F1000Research, 2016.
Sajic T, Liu Y, Aebersold R, et al. Using data-independent, high-resolution mass spectrometry in protein biomarker research: Perspectives and clinical applications[J]. Proteomics Clinical Applications, 2015: 307-321.
Musa Y R, Boller S, Puchalska M, et al. Comprehensive Proteomic Investigation of Ebf1 Heterozygosity in Pro-B Lymphocytes Utilizing Data Independent Acquisition.[J]. Journal of Proteome Research, 2018, 17(1):76.