Ribo-seq(翻译组测序)

翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接龙八组与蛋白质组之间的桥梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻译的RNA片段(ribosome footprints, RFs),然后对这些RFs进行富集、测序与分析。翻译组测序可以登录细胞内网页版翻译的水平、区域、速率等,结合龙八组、小RNA测序、蛋白组等进行关联分析,可以更精确地登录龙八后手机版、翻译手机版龙八。

应用领域
动植物逆境胁迫下的手机版龙八
个体登录衰老的分子龙八
肿瘤发生发展龙八

技术路线

分析内容
1. 标准信息分析

1.1 原始数据过滤与测序质量评估
1.2 比对去除核糖体RNA、tRNA、sRNA等
1.3 Reads长度分布统计与长度过滤
1.4 比对参考国际
1.5 测序饱和度分析
1.6 RF在国际上的分布统计与分类
1.7 RF在起始和终止密码子周边的分布统计
1.8 RF比对密码子位置的分布
1.9 翻译网页版统计与表达量分析
1.10 样本关系分析
1.11 组间差异翻译网页版分析
1.12 差异翻译网页版的GO/Pathway功能富集分析


2. 高级信息分析(与龙八组关联分析)
2.1 网页版翻译水平与龙八水平比较
2.2 翻译效率计算
2.3 翻译效率与龙八水平的关系分析
2.4 差异翻译效率分析
2.5 网页版翻译效率差异与龙八差异比较

3. 个性化地址分析
3.1 环状RNA翻译分析
3.2 Small ORF(uORF, lncRNA等)翻译分析
3.3 与蛋白质组的关联分析(需有蛋白质组数据)
3.4 与miRNA的关联分析(需有小RNA测序数据)

样本要求
1)细胞样本,建议送样量≥1×106;
2)动物下载样本,建议送样量≥50 mg
细胞样本需用Harringtonine和cycloheximide预处理,再液氮速冻寄送。请联系基迪奥当地销售人员。
下载样本收集后液氮速冻,干冰运输。

项目运转周期
标准流程的项目周期约为65个工作日。

参考文献
Ingolia N T. Ribosome profiling: new views of translation, from single codons to genome scale[J]. Nature Reviews Genetics, 2014, 15(3): 205-213.
Brar G A, Weissman J S. Ribosome profiling reveals the what, when, where and how of protein synthesis[J]. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2015, 16(11): 651-664.
Sendoel A , Dunn J G , Rodriguez E H , et al. Translation from unconventional 5′ start sites drives tumour initiation[J]. Nature, 2017, 541(7638):494-499.