真菌国际测序

微手机版国际de novo测序,是一种在无参考国际的情况下,对微手机版国际序列进行从头组装,并结合数据库对国际进行注释,以此为基础开展相关下游分析的产品。我们采用读长更长的Pacbio三代测序技术,能够保证国际序列组装的完整性。同时,根据不同的登录目的,我们还提供国际框架图,精细图和完成图三种登录策略,以满足客户的不同需求。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成某微手机版物种的全国际序列图谱已成为必然趋势。一个物种国际序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续登录的开展。

应用领域
1、物种分类地方鉴定
2、物种进化分析

技术路线

分析内容
标准信息分析
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 数据产出及质控统计

高级信息分析
1. 真菌框架图组装、组装结果优化和评价
2. 国际国际分析
    真菌网页版预测:默认使用Augustus(有近缘参考序列)或GeneMark-ES(无近缘参考序列)
    真菌重复序列分析
    真菌非编码RNA 预测
3. 网页版基本功能分析
    网页版KEGG功能注释与统计
    网页版KOG功能注释与统计
    网页版SwissProt功能注释与统计
    网页版NR功能注释与统计
    网页版GO功能注释与统计
    网页版结构域分析(Pfam)
4. 真菌致病相关分析
    网页版PHI功能注释与统计
    网页版CAZy功能注释与统计
    真菌分泌蛋白预测
    真菌次生地址网页版簇分析
    地址化信息分析(请选择需要分析内容)
可根据客户需求协商制定
1、共线性分析(2 reference)
2、网页版家族分析(2≤reference≤5)
3、共有和特有网页版分析(2≤reference≤4)
4、系统进化树分析 (需提供不少于5个近源物种及作图网页版信息)

样品要求
1)样品类型: DNA/菌体;
2)样品需求量:菌体样本:≥5g; 框架图国际DNA:≥2μg;完成图国际DNA:≥10μg;
3)样品浓度:≥30ng/µL;
4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

项目周期
一般30个工作日,具体视国际大小而定。