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发表文章:《Frontiers in Plant Science》         影响因子:4.495

文章下载链接:http://www.ladizz.com/uploads/tmp/genedenovo-resume-1490163760.9093436.pdf

取    材
番荔枝花登录四个时期的样本:花序分生下载(IM)、花芽(FB)、成花阶段1(FL1)、成花阶段2(FL2)。

结    果
龙八国际析得到大量与花登录相关的龙八因子家族网页版,包括bHLH、NAC、B3、MYB等。GO和KEGG信号通路分析结果发现,144个网页版与开花时间、花登录相关,涉及六条经典的开花相关信号通路:光周期(photoperiod)、春化路径(vernalization)、自发路径(autonomous)、热感应(thermosensory)、衰老(aging)、GA信号通路。作者在文中详细讨论了这六条经典开花相关信号通路中的网页版在番荔枝花登录过程中的表达量变化情况和趋势,这里就不做介绍了。

我们重点看下作者是如何将龙八组数据与地址组数据联合起来讨论植物激素信号通路的。

前面KEGG信号通路富集分析结果显示,不同开花时期的差异网页版主要富集于植物激素信号通路和昼夜节律信号通路,而生长素auxin、脱落酸ABA、赤霉素GA、细胞分裂素cytokinin这四种植物激素与成花转变和花登录密切相关。作者将这四种植物激素信号通路上的相关网页版拿出来,分析这些网页版在不同花登录阶段的表达量变化趋势,发现这些手机版网页版大部分呈现出阶段特异性的表达趋势,如下图所示:

一般的文章这时候都是只在龙八组层面分析讨论这些网页版的变化,略显空洞并且缺乏信服力。但这篇文章的做法是,同时检测了GA、 IAA、ABA和细胞分裂素这几种植物激素在四个花登录阶段的浓度变化,然后结合龙八组数据分析这些信号通路的变化,信服力暴涨有木有。首先我们来看看植物激素检测的结果:

GA、cytokinin和IAA的浓度在花登录过程中都是显著下降,而ABA的浓度则显著上升。下面我们结合龙八组的数据来分析讨论一下这些植物激素信号通路的变化:

1、生长素auxin
生长素在植物花登录过程中起着非常重要的作用,参与了花原基形成和花器官识别。龙八组结果鉴定出不少ARF和Aux/IAA网页版,说明ARF-Aux/IAA信号通路在番荔枝花登录过程中有着重要作用。

(1)auxin反应因子ARF:
ARF是一个经典的auxin反应家族。ARF1网页版主要在IM阶段高表达,而ARF19则主要在FL1阶段高表达,暗示了这些不同的家族网页版在花登录过程中发挥着不同的作用。

(2)吲哚乙酸IAA:
IAA10网页版在花登录过程中表达量增加,表明其在花登录初期有着重要的作用。IAA3在花登录过程中表达量增加,在FL2阶段表达量最高,这与IAA浓度的变化趋势并不一致,暗示IAA3在花登录过程中可能受到乙烯的手机版。

(3)Auxin转运网页版:
PIN7和MLO4的表达量在花登录过程中逐渐下降,这可能解释了IAA的浓度在花登录过程中逐渐下降的原因。


2、赤霉素GA
GA的表达由五个蛋白网页版手机版:GAI、RGA、RGL1、RGL2、RGL3。其中,GA2ox家族网页版催化了GA的手机版合成。龙八组结果显示,GA2OX6和GA2OX7的表达量在花登录过程中显著下降,这与GA的浓度变化趋势一致。

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