国际denovo

国际denovo测序即从头测序,是不依赖于任何参考序列对某物种进行测序,通过手机版信息学分析手段进行拼接、组装,从而获得该物种全网页版序列图谱。随着测序技术的发展、测序成本的降低,完成各物种的全国际序列图谱已成为必然趋势。一个物种国际序列图谱的完成,将带动该物种一系列后续登录的开展。

应用领域

国际survey评估
全国际组装及注释
物种进化分析

技术路线

分析内容

1. 数据处理:去除接头序列、污染序列等;
2. 国际组装:原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等;
3. 国际注释:网页版预测、网页版功能注释、重复序列分析、非编码RNA注释等;
4. 比较国际学及进化分析:物种系统登录树构建、网页版家族鉴定、网页版共线性分析等;
5. 个性化分析。

样品要求

样品浓度≥200ng/uL;总量≥500ug;OD260/280 = 1.8~2.0。(所需的DNA量与所构建的文库数量以及文库类型有关)

项目周期

一般约7个月,具体完成时间视国际大小及复杂程度而定。时间从样品检测合格开始计算,不包括由于样品问题而导致实验停滞的时间。

参考文献

  1. Ryan E. Mills, Klaudia Walter, Chip Stewart, Robert E. Handsaker, et al. Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing. Nature February 2011 470.59–65
  2.  Srikanth Gottipati, Leonardo Arbiza, Adam Siepel, Adam Siepel, Andrew G Clark, Alon Keinan. Analyses of X-linked and autosomal genetic variation in population-scale whole genome sequencing. Nature Genetics 43 741–743 (2011)
  3. Can Alkan , Bradley P. Coe & Evan E. Eichler Genome structural variation discovery and genotyping Nat. Rev. Genet., 12, 363–376 (2011).
  4. Derek M. Bickhart, Yali Hou, Steven G. Schroeder, et al. Copy number variation of individual cattle genomes using next-generation sequencing February 2, 2012, doi: 10.1101/gr.133967.111
  5. Kerstin Lindblad-Toh, Manuel Garber, Or Zuk,Michael F. Lin, et al. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature 478, 476–482(2011)
  6. Michael F. Berger, Eran Hodis, Timothy P. Heffernan, Yonathan Lissanu Deribe, et al. Melanoma genome sequencing reveals frequent PREX2 mutations. Nature 11071 (2012)
  7.  Tobias Rausch, David T.W. Jones, Marc Zapatka, Adrian M. Stütz, Thomas Zichner, Joachim et al. Genome Sequencing of Pediatric Medulloblastoma Links Catastrophic DNA Rearrangements with TP53 Mutations. Cell, Volume 148, Issue 1, 59-71, 20 January 2012
  8.  Zamin Iqbal, Mario Caccamo,Isaac Turner, Paul Flicek, Gil McVean De novo assembly and genotyping of variants using colored de Bruijn graphs. Nature Genetics 44, 226–232 (2012)